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En dépit de cette reconnaissance officielle tardive du droit syndical pour les fonctionnaires, ceux-ci, dès la fin du 19e siècle, se regroupent au sein d’associations professionnelles s’inspirant du mouvement mutualiste.
Un grand nombre se regroupe dans une Fédération des fonctionnaires, autonome de 1919 à 1928.
Jusqu’à la seconde guerre mondiale, le mouvement syndical de la Fonction publique est divisé et connaît des luttes internes. La Fédération générale des fonctionnaires, unifiée en 1935, se transforme en 1946 en Union générale des fédérations de fonctionnaires (l’UGFF-CGT a donc fêté ses 55 ans en 2001). De par sa taille, elle joue un rôle important au sein de la CGT ; son premier secrétaire général sera co-secrétaire général de la CGT au côté de Benoît Frachon.
Après la scission de 1947-1948 entraînée par le départ des « minoritaires » de la CGT pour créer Force ouvrière, l'UGFF – ainsi que les fédérations et les syndicats qu’elle regroupe – restent à la CGT. Toutefois, dans tous les secteurs, des organisations homologues s’affilient à FO. D’autres deviennent autonomes ; c’est par exemple le cas pour la fédération de l’Éducation nationale (FEN), dont certaines composantes ont crée il y a quelques années la FSU.
Sept organisations sont reconnues représentatives des personnels de la Fonction publique : CGT, CFDT, FO, UNSA-FGAF-FEN, CFTC, CGC et FSU.